वीर अस्पतालको पहिलेको नाम ‘पृथ्वी वीर अस्पताल’ थियो । पहिला टहरा बनाएर वीर अस्पताल हालको राष्ट्रिय नाचघर भएको ठाउँमा स्थापना गरिएको थियो ।
अस्पतालका लागि ४८ रोपनी जग्गा एक मानन्धर थरका व्यक्तिले दान गरेका थिए । वीर अस्पताल भवनको डिजाइनर जोगवीर स्थापित थिए । शुरुको अवस्थामा सो अस्पतालमा बेलायती दूतावासमा रहेका डाक्टरहरुले ओपिडी चलाउथे भने बङ्गाली डाक्टरहरुले सेवा दिएका थिए । सो अस्पतालमा राजा महेन्द्रले आइसियु कक्षको स्थापना गरे ।
वि.सं. २०७२ को भूकम्प पश्चात् वीर अस्पतालको पूर्वाधार विकासमा पहिलो पटक नेपाल सरकारले आफ्नै बजेटबाट ठूलो रकम लगानी गरि नेपाली निर्माण कम्पनी शर्मा एन्ड कम्पनी र विदेशी निर्माण कम्पनीको ज्वाइन्ट भेञ्चरमा नयाँ सर्जिकल भवनको निर्माण गरेको छ ।
श्री ३ महाराज वीर शम्सेरको विवाह श्री ५ सुरेन्द्र कि भतिजी तत्कालीन अधिराजकुमार उपेन्द्र वीरविक्रम कि छोरी दिव्यश्वरी देवी (धन हजुरी)सँग भएको थियो । धन हजुरी कि एउटी सुसारे (खन्जमाया) असाध्यै सुन्दरी थिइन् । वीर शम्सेरको विवाहमा दाइजो स्वरुप खन्जमायालाई दिव्यश्वरीसँगै वीरशम्शेरको दरबारमा पठाइएको थियो ।
खन्जमायालाई देखेर उनको सुन्दरताबाट मोहित भएका वीरशम्सेर तिनै खन्जमायाको प्रेमजालमा परे । यो कुराको सुइँको पाएकी महारानी दिव्यश्वरीले आफ्नी सुसारे खन्जमायालाई दरबारबाट हटाउन खोजिन् । खन्जमायाको प्रेममा पागल भएका वीरशम्सेरले उनलाई दरबारबाट हटाउन मानेनन् । यहीँ विषयमा वीरशम्सेर र दिव्यश्वरीबीच खटपट परिरह्यो ।
पछि वीरशम्सेरले उनै नेवार मुलकी नकर्र्मी थरकी खन्जमायासंग दोस्रो बिहे गरे । उनलाई कान्छी महारानीको दर्जा दिएर महारानी (तोप कुमारी) नाम राखिदिए । यस घटनाबाट रिसाएकी महारानी दिव्यश्वरीले एक दिन सुतिरहेकी खन्जमायाको अनुहारमा एसिड (तेजाव) छ्याप्न लगाईन् ।
एसिडको कारण खन्जमायाको अनुहार जलेर कुरुप भयो । उनको आँखा समेत बन्द भयो । आफ्नी अत्यन्तै मन परेकी महारानीको यस्तो अवस्था देखेर भाव विह्वल भएका वीर शम्सेरले उनको उपचारको लागि कलकत्ता अनि बेलायतदेखि धेरै डक्टरहरु काठमाडौं झिकाए । ती डाक्टरहरुको उपचारबाट खन्जमायाको अनुहार केही हदसम्म ठीक भयो भने बन्द भएको आँखा पनि अलि अलि देख्न सक्ने भइन् ।
यस घटनाबाट क्रोधित बनेका वीर शम्सेरले आफ्नी जेठी महारानी दिव्यश्वरी (धन हजुरी)लाई दरबारमै नजरबन्द गरिदिए । वीरशम्सेर कि जेठी महारानी दिव्यश्वरीको तर्फबाट गेहेन्द्र शम्सेर र धर्मशम्सेर जन्मिएका थिए । कान्छी महारानी तोप कुमारीबाट चक्र शम्शेर, रुद्र शम्सेर, तेज शम्सेर, प्रताप शम्सेर अनि छोरीहरु कृति दिव्यश्वरी र दुर्गा दिव्यश्वरीको जन्म भएको थियो ।
पछि ती छोरीहरुको विवाह वीरशम्सेरले तत्कालीन राजा श्री ५ पृथ्वीवीर विक्रमसँग गराइ दिए । पृथ्वी वीर विक्रमका साहिली र काहिली महारानी वीर शम्सेर का छोरीहरु हुन् ।
यस घटना पछि वीर शम्सेरलाई नेपालमा एउटा अस्पतालको अत्यन्तै खाँचो रहेको महशुस भएर उनले वि.सं. १९४६ श्रावण १२ गते रानीपोखरीको पश्चिमतर्फ हाल राष्ट्रिय नाचघर भएको ठाउँमा एउटा टहरो बनाइ तत्कालीन राजा श्री ५ पृथ्वीवीर विक्रम र आफ्नो नाम जोडेर पृथ्वीवीर अस्पताल नामाकरण गरि १५ शैय्याको अस्पताल स्थापना गरे ।
साथै महारानी तोपकुमारीको उपचारको लागि आएका डाक्टरहरुबाट नै सो अस्पताल सञ्चालन गर्ने व्यवस्था गरे । पछि सो ठाउँ साँघुरो भएको कारण सुन्धारादेखि भोटाहिटीसम्म जग्गा भएको मानन्धर थरका एक जनासँग ४८ रोपनी जग्गा मागेर सोही ठाउँमा वीर शम्सेरले त्यस बखतको भव्य भवन बनाउन लगाए र सो अस्पतालबाट पृथ्वी नाम हटाइ आफ्नै नाम वीर राखि वीर अस्पताल नामाकरण गर्न लगाए ।
उनले सर्वसाधारण जनताका लागि निःशुल्क उपचार र भर्ना भएर बसेका विरामीहरुका लागि निःशुल्क मासुभातको व्यवस्था गरे । जुन आज पर्यन्त वीर अस्पतालमा विरामीहरुका लागि निःशुल्क खानाको व्यवस्था छ ।
१९९० को भूकम्पमा वीरशम्शेरले बनाएको भवन क्षतिग्रस्त भयो । पछि भारतीय सहयोगमा ओपिडी भवन अनि युएसआइडीको सहयोगमा सर्जिकल भवनको निर्माण गरियो । साथै २०७२ को भुकम्पपछि जाइकाको सहयोगमा यस अस्पतालमा अर्को अत्याधुनिक भवन निर्माण गरिएको छ ।
यस अस्पतालको लागि वि.सं. २०१६ सालमा पहिलो नेपाली सुपरिटेन्डेन्ट डाक्टर जीतसिह मल्ल थिए । त्यस भन्दा अगाडि ५ जना विदेशी सुपरिटेन्डेन्ट डाक्टर भएका थिए । सो अस्पतालको पहिलो मेट्रोन इन्द्रकला माथेमा थिइन् ।